Большая часть японских мифов, известных на сегодняшний день, известна благодаря «Кодзики», «Нихон сёки» и некоторым дополнительным источникам. «Кодзики», или «Записи о деяниях древности» — древнейшее на сегодняшний день собрание мифов и легенд. «Синтосю», датированная XIV веком, с буддистской точки зрения объясняет, как появились боги, а эпическая поэма «Хоцума Цутаэ» содержит альтернативные версии мифов.

Японская мифология прямо связана с культом императора: императорская семья традиционно считается прямым потомком первых богов. Японское слово тэнно (天皇), император, буквально обозначает «божественный (или небесный) правитель».

Мифология Японии включает большое количество божеств (это закреплено в поговорке «Япония — страна восьми миллионов божеств»). Имена многих из них весьма длинные. Например, Ниниги — Амэ-Нигисикуги-Нигисиамацухико-Хиконо-но-Ниниги-но-Микото, что обычно сокращается как Хикохо-но-Ниниги или Хоно-Ниниги.

Первое поколение богов призвало Идзанаги и его будущую супругу Идзанами, чтобы те сотворили землю. Им была дана украшенная драгоценными камнями нагината — оружие, которое принято называть алебардой.Нагината носила название Аманонухоко, «Божественная алебарда с драгоценными камнями». Идзанаги и Идзанами отправились на мост, соединяющий небо и землю (Амэнокихаси), и начали перемешивать алебардой морские воды, когда же с алебарды начали падать солёные капли, они образовали остров Оногоро («самозагустевший»). Затем боги спустились с небесного моста и поселились на этом острове. Впоследствии, когда Идзанаги и Идзанами решили пожениться, они построили дворец Яхиродоно («великий дворец»). Во время брачной церемонии Идзанами, женщина, первая поприветствовала Идзанаги. Хотя он счел это не совсем приличным, свадьба все равно состоялась. Идзанами и Идзанаги были первыми из богов, кто мог рождать других божеств. У них родились двое: Хируко и Авасима, но они были некрасивы. Идзанами и Идзанаги положили детей в лодку и выпустили в море, а затем обратились к другим богам с вопросом, что же они сделали не так. Боги ответили, что во время свадебной церемонии первым должен был заговорить мужчина. Идзанами и Идзанаги повторили обряд бракосочетания, и с тех пор союз стал счастливым.

Затем родились еще шестеро островов и множество богов. Последним является бог огня Кагуцути (или Хомусуби), рождение которого опаляет лоно Идзанами, и она умирает — согласно мифу, удаляется в царство мертвых Ёми-но куни. Идзанаги в ярости убил Кагуцути, что породило еще несколько богов.

Убитый горем Идзанаги отправился в подземное царство Ёми, чтобы вернуть свою жену назад. Оказалось, что между земным и подземным миром нет большой разницы, за исключением вечной темноты, хотя темноты оказалось достаточно, чтобы Идзанаги страдал от отсутствия света и скучал по жизни наверху. Поначалу он даже не мог увидеть Идзанами, которую укрывали тени. Наконец, он нашёл жену, но она уже попробовала пищу царства мёртвых и навеки стала его обитательницей.

Идзанаги отказывается оставить Идзанами. Тогда она соглашается вернуться в мир живых, но хочет сначала отдохнуть некоторое время, поэтому удаляется в опочивальню и просит мужа туда не заходить. Идзанаги прождал довольно длительное время, но затем не выдержал, зашел в покои и зажёг факел. Он увидел, что некогда прекрасное тело Идзанами превратилось в гниющий труп, покрытый личинками и другими отвратительными существами. Идзанаги в ужасе закричал и спасся бегством из подземного мира, а вход туда завалил камнем. Забарикадированная Идзанами в ярости кричала, что в отместку будет каждый день забирать по 1000 живых людей, а Идзанаги ответил, что в таком случае он каждый день будет давать жизнь 1500 человек.

Так в мир вошла Смерть.

Идзанаги побывал в Ёми, после чего решил совершить обряд очищения. Он начал раздеваться и снимать с тела украшения, и каждая драгоценность, упавшая на землю, рождала божество. Еще большее их количество было создано во время омовения тела и лица. Наиболее важные боги:

Идзанаги разделил мир между ними. Аматэрасу, получает во владение «равнину высокого неба» и становится главным божеством пантеона, покровительницей земледелия. Цукуёми стал владеть ночным временем и луной, а Сусаноо доверены морские просторы. По некоторым версиям мифа Сусаноо также повелевает стихиями, в том числе снегом и градом.

Аматэрасу, повелительница солнца, — наиболее известная богиня всей японская мифологии. Её вражда с братом Сусаноо описывается в нескольких сказаниях. Так, в одной из легенд Сусаноо вел себя грубо по отношению к Идзанаги. Идзанаги, уставший от бесконечных придирок Сусаноо, изгнал его в Ёми. Сусаноо неохотно согласился, но перед этим отправился на небесные поля Такаманохара, чтобы попрощаться с сестрой. Аматэрасу сразу преисполнилась подозрениями, потому что не верила в добрые намерения брата и хорошо знала его характер.

Тории в храме Ама-но-Ивато, Такатихо, префектура Миядзаки
− С какой целью ты пришел сюда? − спросила Аматэрасу.
− Чтобы попрощаться, − ответил Сусаноо.

Аматэрасу не поверила этим словам и потребовала устроить состязание, проверяющее честность Сусаноо. Побеждал тот бог, который может дать жизнь более благородным и богоподобным детям. Аматэрасу сделала трёх женщин из меча Сусаноо, а Сусаноо — пятерых мужчин из цепочки своей сестры. Аматэрасу объявила, что раз цепочка принадлежит ей, то и мужчин следует отнести на её счет, то есть женщины являются порождениями Сусаноо.

В раздражении Сусаноо совершает ряд проступков, считавшихся тяжелейшими прегрешениями: в том числе, сдирает шкуру с живой лошади (священное животное для Аматэрасу). Аматэрасу бежала, скрылась в пещере Ама-но-Ивато (яп. 天岩戸?, букв. «Пещера солнечного бога»), и мир погрузился во тьму. Лишь хитростью Амэ-но-Удзумэ удалось развеселить Аматэрасу и вызволить из пещеры. С тех пор Амэ-но-Удзумэ, считавшаяся богиней развлечений, стала известна как богиня утренней зари.